强强联手,Sentieon登陆荣联生物云平台

发布于 2019-03-22

目前二代测序技术已经成为市场商用主流,随着高通量测序设备的广泛应用,二代测序仪运行得到的基因数据量呈倍数增长,使得基因测序的工作重心从繁重的人工测序转到了数据分析上。新的市场环境造就了新的问题与挑战,如何快速、准确地处理测序仪生成的大量数据,是目前测序行业和各个相关科研机构面对的主要问题。

 

变异检测是二代测序分析整体环节中最为关键的一环。只有准确的变异检测分析结果,才能应用于后续的临床和科研。目前业界的分析工具主要包括GATK工具集、Samtools等。虽然这些工具在变异检测的准确性上比较可靠,但是在计算速度上还是存在一定的瓶颈。而Sentieon是一款让GATK以及mutect、mutect2飞起来的软件,得到行业内人员的青睐。

 

2019322日,Sentieon公司首席工程师李志攀莅临荣之联,与荣之联生物云团队进行技术层面及后期合作模式的深入探讨。




Sentieon是一款通过与参考基因组进行比对分析和变异检测来处理基因组数据的产品。




Sentieon 产品应用

  • Alignment:  Sentieon BWA
  • Germline variant calling:  DNAseq   DNAscope
  • Somatic variant calling:  TNseq    TNscope


Sentieon 产品优势

  • 变异检测精准

目前GATK是检测变异软件中被业界认可度最高的,而SentieonGATK用的一样的数学模型,不一样的是对算法进行了改进,运用Sentieon软件的分析结果和GATK一致。




  • 比对速度快

运用BWA将序列比对到参考基因组,Sentieon软件速度至少提高一倍。




  • 变异检测速度快

Sentieon软件测试结果显示,其变异分析速度比GATK20-50倍。




随着测试技术的发展,越来越多的植物基因组得到了很好的组装。荣联生物云中真核基因组变异检测流程很好的克服了由于参考基因组过大造成的变异检测的问题。结合Sentieon软件的加速,对较长参考基因组的研究提供了便利。


荣联生物云和生信一体机平台加入Sentieon软件的加持,集各自优势于一身,在保证了变异检测准确性的同时,做到了极速分析,为“生信分析大数据时代”创造最实用的工具。

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